第３２卷第７期２０１０年７月

中国预防兽医学报

ＣｈｉｎｅｓｅＪｏｕｒｎａｌｏｆＰｒｅｖｅｎｔｉｖｅＶｅｔｅｒｉｎａｒｙ

Ｖ０１．３２．Ｎｏ．７Ｊｕｌ．２０１０

Ｍｅｄｉｃｉｎｅ

猪繁殖与呼吸综合征病毒ＣＨ一１Ｒ株全基因组序列

测定及遗传变异分析

石文达，刘永刚，王洪峰，王淑杰，马

平，徐敏，武佳斌，蔡雪辉’

（００匡１农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室／猪传染病研究室，黑龙江哈尔滨１５０００１）

摘要：为了解猪繁殖与呼吸综合征的弱毒（ＰＲＲＳＶ）株在基因组水平上的变异和分子遗传特征，本研究对致弱毒株ＣＨ．１Ｒ株进行了全基因组序列的测定。结果表明，ＣＨ一１Ｒ株基因组序列全长１５

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ｎｔ，具有典型的动脉

炎病毒基因组结构。通过与亲本株ＣＨ．１ａ株序列进行比对，发现其基因组内碱基的缺失和突变主要分布在ＯＲＦＩａ基因的第２１９ｌ位～２１９３位、ＯＲＦ５基因的第４３９位、ＯＲＦ６基因的第４９位和ＯＲＦ７基因的第２８位和第１３９位。其中ＰＲＲＳＶＣＨ．ＩＲ株的Ｎｓｐ２蛋白和结构蛋白的变异相对较大，尤其是Ｎｓｐ２蛋白的变异，同ＣＨ．１ａ株相比，ＣＨ．１Ｒ株的Ｎｓｐ２蛋白存在多处核苷酸的突变，其中包括连续３个核苷酸发生缺失；由结构蛋白基因推导的氨基酸序列共有１７处变异，在各结构蛋白中以ＧＰ３和ＧＰ５蛋白变异较大，而高度保守的Ｍ蛋白和Ｎ蛋白，

同样发生了变异，由此预测了Ｎｓｐ２蛋白的妒１Ｅ、ＧＰ５蛋白的Ｌ１４６Ｑ、Ｍ蛋白的Ｑ１６Ｌ和Ｎ蛋白的Ｋ４６Ｎ处毒力相关

的氨基酸位点，推测其在毒株致弱过程中起到了重要的作用。

关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒；全基因组序列分析

中图分类号：￥８５２．６１

文献标识码：Ａ

文章编号：１００８．０５８９（２０１０）０７—０５１２．０５

Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇａｎａｌｙｓｉｓｏｆｆｕｌｌｌｅｎｇｔｈｇｅｎｏｍｅｏｆｐｏｒｃｉｎｅｒｅｐｒｏｄｕｃｔｉｖｅ

ａｎｄｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙｓｙｎｄｒｏｍｅｖｉｒｕｓＣＨ一１Ｒｓｔｒａｉｎ

ＳＨＩ

Ｗｅｎ—ｄａ，ＬＩＵＹｏｎｇ－ｇａｎｇ，ＷＡＮＧＨｏｎｇ—ｆｅｎｇ，ＷＡＮＧＳｈｕ－ｊｉｅ，ＭＡ

ＷＵＪｉａ－ｂｉｎ．ＣＡＩＸｕｅ—ｈｕｉ‘

Ｐｉｎｇ，ＸＵＭｉｎ，

（ＤｉｖｉｓｉｏｎｏｆＳｗｉｎｅＩｎｆｅｃｔｉｏｕｓＤｉｓｅａｓｅｓ，ＳｔａｔｅＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＢｉｏｔｃｃｈｏｌｏｇｙ，ＨａｒｂｉｎＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆ

ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｈａｒｂｉｎ

１５０００１，Ｃｈｉｎａ）

Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＴｏｓｔｕｄｙｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｖａｒｉａｔｉｏｎａｎｄｍｏｌｅｃｕｌａｒｆｅａｔｕｒｅｓｏｆｔｈｅＰＲＲＳＶａｔｔｅｎｕａｔｅｄｓｔｒａｉｎ，ｔｈｅｆｕｌｌｌｅｎｇｔｈ

ａｔｔｅｎｕａｔｅｄＰＲＲＳＶＣＨ－ＩＲｓｔｒａｉｎｗａｓｓｅｑｕｅｎｃｅｄ．Ｔｈｅｃｏｍｐｌｅｔｅｇｅｎｏｍｅｗａｓ１５４２５ＣＨ－ｌａ，ｓｅｖｅｒａｌｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｄｅｌｅｔｉｏｎｓ

ｎｔ

ｇｅｎｏｍｅｏｆ

ｉｎ

ｌｅｎ垂ｈ．Ｃｏｍｐａｒｅｄｗｉｔｌｌｔｈｅｐａｒｅｎｔｓｔｒａｉｎ

ａｔ

ａｎｄ

ｍｕｔａｔｉｏｎｓｉｎｔｈｅＣＨ ＩＲｓｔｒａｉｎｗｅｒｅ

ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ，ｍｏｓｔｌｙｌｏｃａｔｅｄｐｏｓｉｔｉｏｎ２１９１

ｔｏ

２１９３ｏｆ

ＯＲＦｌａ，１０３ｏｆＯＲＦ５，４９ｏｆＯＲＦ６，２８ａｎｄ１３９ｏｆＯＲＦ７．ＴｈｅｖａｒｉａｔｉｏｎｓｉｎｔｈｅＮｓｐ２ｐｒｏｔｅｉｎａｎｄｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｐｒｏｔｅｉｎｒｅｇｉｏｎｗｅｒｅ

ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ，ｗｉｔｈ

１７

ｎｕｍｅｒｏｕｓｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｍｕｔａｔｉｏｎｓａｎｄｔｈｒｅｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｄｅｌｅｔｉｏｎｓｗｅｒｅｆｏｕｎｄｉｎｔｈｅＣＨ一１ＲＮＳＰ２

ａｔ

ｐｒｏｔｅｉｎ．Ｔｈｅｒｅ

ｗｅｒｅ

ａｍｉｎｏａｃｉｄｓｖａｒｉａｔｉｏｎｓｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄｉｎｔｈｅｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｐｒｏｔｅｉｎ，ｅｓｐｅｃｉａｌｌｙＧＰ３ａｎｄＧＰ５ｐｒｏｔｅｉｎｓ．Ｍｕｔａｔｉｏｎ

ｈｉｇｈｌｙｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ

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ｐｒｏｔｅｉｎ

ａｎｄ

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ｏｎ

ｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｅａｎａｌｙｓｉｓ，ｆｏｕｒｏｆｖｉｎｌｓ

ｏｆ

ｖｉｒｕｌｅｎｔｒｅｌａｔｅｄａｍｉｎｏａｃｉｄｓｉｔｅｓｗｅｒｅｐｒｅｄｉｃｔｅｄ，

ｉｎｃｌｕｄｉｎｇＥ捌ｏｆＮｓｐ２ｐｒｏｃｅｓｓ．

ｐｒｏｔｅｉｎ，Ｑ…ｏｆＧＰ５ｐｒｏｔｅｉｎ，Ｌ。６

ＭｐｒｏｔｅｉｎａｎｄＮ”ｏｆＮｐｒｏｔｅｉｎ，ｗｈｉｃｈｗａｓｉｍｐｏｒｔａｎｔｉｎｔｈｅａｔｔｅｎｕａｔｅｄ

Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ＰＲＲＳＶ；ｆｕｌｌ＊Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇａｕｔｈｏｒ

ｌｅｎｇｔｈｇｅｎｏｍｅ；ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ；ａｎａｌｙｓｉｓ

收稿日期：２００９．０９．２０

基金项目：十一五国家支撑计划（２００６ＢＡＤ０６Ａ０７）

作者简介：石文达（１９８１．），男，黑龙江双鸭山人，实习研究员，硕士，主要从事动物病毒与分子免疫学研究‘通信作者：Ｅ－ｍａｉｌ：ａｃｉｌ３９＠ｓｉｎａ．ｃｏｒｎ

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